プロテインは牛乳と一緒に飲まないほうがいいのか？

牛乳(カルシウム)によって吸収を妨げられるのは鉄分です。
カルシウムの過剰摂取には注意が必要なようですが、通常の食事レベルでは問題ないです。
むしろ、それを気にして牛乳を飲まないことのほうが問題です。

牛乳とプロテインを一緒に飲むと、吸収が遅くなります。
そのため、早く栄養を吸収したいトレーニング後とかは水に溶かして飲んだほうがいいでしょう。
逆に寝る前など、腹持ちを期待したい場合は牛乳で溶かして飲んだほうが効果的でしょう。

ちなみに、プロテインを飲んだ後パイナップルを食べる、もしくは100%のパイナップルジュースを飲むなどをするとたんぱく質の分解がよくなりしっかり吸収されるみたいです。